Su familia, la familia Borja, era una de las más célebres del reino de Aragón, alcanzó fama mundial cuando Alfonso Borja fue elegido Papa con el nombre de Calixto III , a finales del mismo siglo hubo otro Papa Borja Alejandro VI quien tenía cuatro hijos cuando fue elevado al pontificado…
San Francisco de Borja era nieto del papa Alejandro VI y del rey Fernando y además primo del emperador Carlos V.
Nació el 10 de enero de 1510 en la ciudad de Gandia, en el reino de Valencia, en España.
A los 29 años, Carlos V le nombró virrey de Cataluña.
Fue duque de Gandia en 1543, a la muerte de su padre.
Borja estaba muy gordo como consecuencia de una alimentación tan abundante como insana y por el abuso de proteínas cárnicas, consecuencia de estos abusos dietéticos sufría la gota, posteriormente adelgazó por el drástico cambio de vida al trocar las comodidades de la corte señorial por las estrecheces de una orden religiosa.
Francisco recibió la misión de conducir a la sepultura real de granada los restos mortales de la emperatriz Isabel. Al abrir el ataúd para reconocer el cuerpo la cara de la difunta estaba en proceso de descomposición francisco entonces tomó su famosa decisión de «no servir nunca más a un señor que pudiese morir».
Practicó los ejercicios espirituales de San Ignacio de Loyola con Pedro Fabbro, hizo los votos de castidad y obediencia y de entrar en la compañía de Jesús.
San Ignacio le aconsejó que retrasase su entrada a la orden hasta que terminase la educación de sus hijos y que, mientras tanto, tratase de obtener el grado de doctor en teología en la Universidad de Gandia que acababa de fundar.
Ingresó en la compañía de Jesús a la edad de 44 años, se rasuró la cabeza y la barba, tomó el hábito y se retiró a una ermita de Oñate en las cercanías de Loyola. Recibió la ordenación sacerdotal en la semana de pentecostés de 1551.
“El duque que se había hecho jesuita” se convirtió en la sensación de la época, se concedió indulgencia plenaria a cuantos asistiesen a su primera misa en Bergara y la multitud que se congregó fue tan grande que hubo que poner el altar al aire libre.
Rechazó ser cadernal como le propuso Carlos V.
Nombrado superior de la Compañía de Jesús en 1566, fue elegido general, cargo que ejerció hasta su muerte, durante su oficio dio tal ímpetu a su orden que puede llamársele el segundo fundador.
Cuando la peste causó estragos en Roma en 1566 el santo reunió limosna para asistir a los pobres y envió a sus súbditos por parejas a cuidar a los enfermos de la ciudad.
Se le ofreció el cargo de cardenal nuevamente y tenía posibilidades de llegar a ser Papa pero no lo aceptó.
Murió a la medianoche del 30 de septiembre de 1572.
Según la expresión del padre Brodrick fue «uno de los hombres más buenos amables y nobles que había pisado en nuestro mundo».
Fue proclamado santo en 1671 por el papa Clemente X.
En 2021/2022 se celebra el Año Jubilar de San Francisco de Borja.